Le ministère de l’Agriculture, de l’Alimentation et de la Pêche (MAAP) a initié depuis le début des années 2000 une réorganisation du dispositif de recherche et d’enseignement supérieur agricole (Sciences et technologies du vivant et de l'environnement) au travers de grands pôles régionaux.

Le MAAP a ainsi labellisé à l’échelle nationale 7 « pôles de compétences ». Il s’agit de pôles scientifiques au sein desquels, les établissements en charge de la recherche et de l’enseignement supérieur agricole s’insèrent dans un cadre pluri-institutionnel et inter-disciplinaire. Montpellier est un de ces 7 pôles de compétences et Agropolis International est la structure porteuse de ce pôle.

Dans un autre cadre, Montpellier a été une des douze villes françaises sélectionnées dans le cadre de l’Opération Campus visant à identifier les plus grands centres universitaires du pays. Cela a abouti, en 2009, à la mise en place du Pôle de Recherche et d’Enseignement Supérieur- Université Montpellier Sud de France (PRES UMSF) dont un des premiers objectifs est la fusion des 3 universités montpelliéraines. Des moyens très importants ont été dégagés par l’Etat et les collectivités locales pour mettre en œuvre un plan campus ambitieux. Le PRES montpelliérain s’organise selon plusieurs grands axes thématiques dont un axe majeur à vocation mondiale : l’axe agro-environnement, correspondant au champ Agropolis International.

Plus récemment, le consortium national Agreenium (Consortium national pour l'agriculture, l'alimentation, la santé animale et l'environnement) a été mis en place en 2009. Il a pour objet d’améliorer la performance du dispositif national de recherche et de formation agronomique et vétérinaire et de renforcer sa visibilité, sa reconnaissance et ses capacités d'action internationales. Tout en étant une structure de dimension nationale, elle devra s’articuler avec les grands pôles régionaux scientifiques dans son domaine, dont Montpellier bien sûr.