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Compétences de recherche de Montpellier et du Languedoc-Roussillon dans le domaine de la biodiversité

"Biodiversité - Des sciences pour les humains et la nature"

UMR AMAP Botanique et bio-informatique de l'architecture des plantes

Etablissement(s) de tutelle  : Cirad, CNRS, Inra, IRD,UM



Bioinformatique et biomathématique de la biodiversité végétale

L’UMR botAnique et bioinforMatique de l’Architecture des Plantes (AMAP, Cirad, CNRS, Inra, IRD, UM2) est une unité multidisciplinaire, rassemblant botanistes, écologues, agronomes, forestiers, mathématiciens appliqués et informaticiens, en majorité basés à Montpellier, mais aussi implantés de façon permanente en Nouvelle-Calédonie et en Guyane française, ainsi qu’au Vietnam et en Inde. Les recherches menées par AMAP partent de la botanique structurale, de la paléobotanique et de la systématique pour aboutir à la modélisation et à la simulation de l’architecture des plantes, de la structure et de la diversité des couverts végétaux et des paysages.

L’objectif principal d’AMAP est de contribuer à l’émergence d’une bioinformatique et d’une biomathématique de la biodiversité végétale—des plantes, des peuplements végétaux et des paysages—qui soient complémentaires des recherches menées par d’autres unités dans les domaines de l’écologie fonctionnelle et évolutive, de la biologie du développement, de l’écophysiologie et de la bioinformatique du génome. Une des dimensions de cette complémentarité est l’investissement méthodologique, en partenariat avec des laboratoires de statistique, d’informatique ou de physique.


En privilégiant l’organisation des couverts végétaux, l’architecture des plantes et la morphologie de leurs organes, l’unité cherche à se doter de formalismes mathématiques et informatiques puissants capables, d’une part, de décrire, analyser et représenter la topologie et la géométrie des objets biologiques étudiés (de l’organe au paysage), et, d’autre part, d’assembler, dans des modèles génériques, les connaissances de plus en plus nombreuses sur le développement et la diversité des plantes et ses régulations par l’environnement. La diffusion des connaissances accumulées et des méthodes développées tient une place essentielle dans les activités d’AMAP, tant par la formation et l'enseignement (traditionnel ou à distance) que par le développement et la mise à disposition de logiciels ou par la constitution et l’exploitation de bases de données.

L’UMR est utilisateur actif mais également gestionnaire d’herbiers (Cayenne et Nouméa) et de collections (Paléobotanique de l’UM2), et assure la responsabilité scientifique de l’herbier de l’UM2. En outre, AMAP dispose d’un laboratoire d’histologie et de biomécanique dans ses locaux de Montpellier.


Au niveau international, les principaux partenaires dans le domaine de l’étude de la biodiversité sont entre autres les suivants : Centro Regional Universitario Bariloche (Argentine), Department of Ecology and Evolutionary Biology, Kansas University, Museu Paraense Emilio Goeldi (Belém, Brésil), Institut de Recherches Agronomiques de Guinée, Institut Français de Pondichéry (Inde), Invasive Species Specialists Group (Nouvelle-Zélande), Center for Ecostratigraphy and Palaeobiology, Macquarie University (Australie), etc.

Au niveau national, citons entre autres l’équipe-Projet IMEDIA de l’Institut national de recherche en informatique et en automatique, Tela Botanica, différentes UMR (ECOlogie des FOrêts de Guyane, Biodiversité Gènes & Communautés, Centre de Biologie et de Gestion des Populations, Diversité et Adaptation des Plantes Cultivées, etc.).

Date de la description : 01.10.2011


Directeur : Thierry Fourcaud

60  scientifiques

Site web de l'unité





Exemples de recherche de l'unité sur la thématique Biodiversité

Diversité spécifique des peuplements d’arbres en forêt guyanaise

En forêt tropicale humide (ici, en Guyane française), deux arbres voisins appartiennent le plus souvent à des espèces différentes.- D.Sabatier © UMR AMAP

Dans les forêts tropicales humides, les études d’écologie des communautés sont d’un abord difficile, en raison de l’extrême diversité biologique et structurale, ainsi que de la relative méconnaissance de la flore. En Guyane, on compte en moyenne 150 à 170 espèces différentes d’arbres sur un seul hectare de forêt, tandis que le département en abrite 1 600 et que (...)


R-SYST : réseau de systématique et outil de caractérisation d'organismes d'intérêt

Zygaena purpuralis (Brünnich, 1763) et Parnassius appolo (Linnaeus, 1758), une espèce protégée en Europe, sur Centaurea sp., dans la Valais (Suisse) - 
A.Franc © Inra

Le réseau R-SYST relie une douzaine d’équipes de recherche françaises dont deux UMR localisées sur Montpellier : CBGP et AMAP. Il a pour vocation de caractériser, aux niveaux moléculaire et phénotypique, de nombreux organismes d’intérêt parmi les arbres, insectes, champignons, micro-algues et bactéries. Son ambition est de créer un dictionnaire de spécimens

 (...)


Pl@ntNet, un réseau collaboratif et une plateforme informatique dédiés à la compilation et au partage d’outils et de connaissances en botanique

Page d'accueil du site Pl@ntNet

Pl@ntNet est une initiative proposée par un consortium international regroupant de nombreux organismes autour de trois équipes : AMAP, l’équipe-projet IMEDIA de l’Institut national de recherche en informatique et automatique et le réseau de botanique francophone Tela Botanica. Ce projet de 4 ans, (soutenu par Agropolis Fondation, vise la création d’une (...)



 
 

Mise à jour le 23/04/14


 




Extrait du site http://www.agropolis.fr/biodiversite/unite-recherche.php?numunite=20