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Compétences de recherche de Montpellier et du Languedoc-Roussillon dans le domaine de la biodiversité

"Biodiversité - Des sciences pour les humains et la nature"

UMR LOMIC Laboratoire d'océanographie microbienne

Etablissement(s) de tutelle  : CNRS



Microorganismes des écosystèmes marins et changements globaux

Les microorganismes jouent un rôle essentiel dans la structuration et le fonctionnement des écosystèmes marins. Ils participent aux transformations chimiques qui, à l’échelle géologique, ont déterminé la composition de l’atmosphère et l’équilibre des principaux sels nutritifs des océans dont dépend le phytoplancton pour effectuer la production primaire.

L’ensemble de ces processus sont en interaction avec l’atmosphère et affectent le climat.

Le défi posé aux scientifiques est de décrire et comprendre les contrôles environnementaux des communautés microbiennes marines de manière à prédire les conséquences des changements globaux sur la biologie et la chimie des océans. Les manifestations des changements globaux incluent non seulement les modifications de la température des océans, de la circulation, de la disponibilité des sels nutritifs et du pH liées à l’augmentation des gaz à effet de serre, mais aussi l’altération de l’environnement marin associée à une pression anthropique croissante (destruction d’habitats, eutrophisation, pollution, etc.).

L’introduction des outils moléculaires il y a 20 ans à l’étude des micro-organismes dans les océans a permis de révéler une exceptionnelle diversité phylogénétique et fonctionnelle qui reste encore largement inexplorée. Alors que moins d’1 % des bactéries marines sont à ce jour cultivables au laboratoire, le développement de nouvelles approches culturales des micro-organismes reste un challenge constant pour les microbiologistes afin de décrire les propriétés écologiques et biotechnologiques d’espèces encore inconnues.

Dans ce contexte, les objectifs du Laboratoire d’Océanographie Microbienne (UMR LOMIC, CNRS, UPMC) de Banyuls-sur-Mer sont :

  • d'identifier les principaux acteurs et quantifier les processus-clés qui déterminent les propriétés biogéochimiques de l’océan ;

  • de comprendre le lien entre la diversité des communautés microbiennes, leurs fonctions/activités métaboliques, et les caractéristiques de l’environnement ;

  • d’étudier le lien entre la physiologie des micro-organismes et leur environnement ;

  • de valoriser les micro-organismes marins en partenariat avec le monde industriel.


Pour répondre à ces différentes questions, le LOMIC s’est structuré en quatre équipes :

  • Réponses et fonctions des microorganismes en biogéochimie marine

  • Biodiversité et biotechnologie microbiennes

  • Équipe mixte Pierre Fabre/ CNRS/UPMC

  • Biologie systémique des réponses environnementales



Les différentes compétences regroupées au sein du LOMIC (biogéochimie, génétique, physiologie intégrative) sont mises en synergie afin de proposer des approches originales couplant les techniques des « omiques » (génomique, métagénomique, transcriptomique, protéomique) aux mesures biogéochimiques associées aux micro-organismes. Ces recherches sont conduites dans différents environnements océaniques (e.g. Méditerranée, Océan Indien, Océan Arctique) et sont couplées à un travail de laboratoire lié à l’étude de la physiologie de modèles de micro-organismes marins tels que la microalgue Ostreococcus tauri et à l’isolement et la description de nouvelles souches bactériennes ainsi qu’à la recherche de leurs potentialités en termes de bioremédiation et de production de biomolécules à intérêt pharmacologique et dermocosmétique.


Le travail du LOMIC s’appuie sur le service d’observation, la souchotèque de bactéries marines ainsi que les plateformes de cytométrie et de biologie moléculaire de l’Observatoire Océanologique de Banyuls-sur-Mer.

Date de la description : 01.10.2011


Directeur : Fabien Joux

15  scientifiques

Site web de l'unité





Exemples de recherche de l'unité sur la thématique Biodiversité

Évolution temporelle de l’activité et de la structure de la communauté bactérienne à la station d’observation MOLA

La figure ci-contre illustre l’évolution temporelle de l’activité et de la structure de la communauté bactérienne à la station d’observation MOLA (Microbial Observatory Laboratoire Arago, 42° 27’2 N ; 03° 32’6 E) située à 20 miles des côtes au large de Banyuls-sur-Mer (France).

a : Les profils de mesures de la salinité font apparaître

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Mise à jour le 23/04/14


 




Extrait du site http://www.agropolis.fr/biodiversite/unite-recherche.php?numunite=136